Нужен финалайзер и не хочется создавать еще одно энтити для этого.

Надо вызать это перед выходом из блока.

in.SetEOFHandler(nullptr);

Насколько уродливо такое решение?

{
  in.SetEOFHandler(PartialPacketHandler);
  static int dummy = 0; // used to initialize std::unique_ptr but it will not be deleted
  auto deleter = [&in](int *p){in.SetEOFHandler(nullptr);};
  std::unique_ptr<int, decltype(deleter)> clean_up(&dummy, deleter);
  DoSomething(); // throws
}

Может есть лучше способ?