Здравствуйте, vsb, Вы писали:

vsb>У нас кроме этого есть система features, где мы какой-то функционал тоже можем включать для определенных организаций, но это изначально использовалось для постепенного ввода в эксплуатацию каких-то новых фич. Включаем для тестовых организаций, проверяем, включаем для каких-то пилотных организаций, с которыми хороший контакт имеется, если всё хорошо, то включаем для всех, а механизм фичи убираем. Эта система сейчас работает через env-ы, где просто id организаций указываются.

vsb>Разновидность третьего варианта это сделать таблицу features и отношение многие-ко-многим (ну или enum features, не суть). Тогда кучи полей не будет, но этот вариант уже мне кажется переусложненым на ровном месте.

Если на пальцах, то как в лицензировании:
Организация ==> [feature1, feature2...featureN]

Оформить это в виде отдельного манагера, который отвечает за включение фич.