Здравствуйте, skodnik, Вы писали:

S>Установил TomCat.

Прямой ответ:
Сразу ставь apache maven. Это сборщик проектов. А HelloWorld.war мавеном и делай.

mvn archetype:generate

и в портянке вариантов приложений выбрать maven-archetype-webapp (A simple Java web application)
обычно это номер 18, но в распоследней версии портянка удлиннилась раз в 5 и все съехало и продолжает съезжать

Ну и собственно

mvn package

чтобы получить сам варник.

А что касается IDE — лучше базироваться на проектах в формате мавена. Мавеновские проекты импортируются любой IDE на ура. От себя рекомендую IntelliJ Idea, а не netbeans.