M>Нужно: Получить уникальный список всех OptionEntity на основании связей из Note_Option таблицы. M>Не могу сообразить можно ли это условие записать с помощью аннотаций или как вообще подойти к решению.
Аннотации они не являются аналогом запросов. Они описывают отношения и маппинг сущности на RDB. Поэтому если вы собрались использовать связь между
Option и Notes, то вам необходимо создать её в классах и описать в маппинге.
M>Варинт с @ManyToMany не совсем уместен так как пока мне не нужно знать и делать выборку для связных Option.Notes (может быть в будущем).
@JoinTable