Попрубуй начать копать здесь, там упоминается по крайней мере о существовании COM-интерфейсов, позволяющих меняь даже расположение этих настроек в реестре. Конечно более правильным было бы менять эти настройки через программный интерфейс, а не писать прямо в реестр — нет гарантии того, что завтра не поменяется захардкоженное месторасположение настроек.