Поэтому пусть у них будут EmitMappers, а у нас будет ExpressionMapper

Использовать так:

var mapper = Map.GetObjectMapper<Source,Dest>(); // или  new ExpressionMapper<Source,Dest>().GetMapper();
var src    = new Source();
var dest   = mapper(src);

Мапит значения, объекты, списки объектов друг в друга с возможностью полного копирования, обратными ссылками и отслеживанем уникальности ссылок.

Параметры DeepCopy и HandleCrossReferences по-умолчанию включены. Так что если не нужно клонирование однотипных объектов и обработка ссылок, то выключать самостоятельно.

Производительность, конечно, процентов на несколько хуже, чем рукописный код, но всякие ЕмитМаперы могут идти тренироваться дальше.