Здравствуйте, Куть, Вы писали:

К>Есть две версии дистрибутива, 1 и 2.
К>В 1-й версии есть компонент X, во 2-м его нету — решено удалить из дистрибутива.
К>Если удалить 1-ю версию, затем поставить 2-ю, то все ок.
К>Если запустить инсталлятор 2-й версии при установленной 1-й, то компонент X (1 файл и 2 линка) не удаляется.
К>Подскажите пожалуйста, как решить проблему, кто сталкивался с таким.

Если удаляешь компонент, то нужно менять у новой версии Product GUID. Об этом написано в документации по WIX, но думаю это справедливо для любых MSI-установщиков.