Как бы извернуться, и подключить к одному VC6-проекту (MFC) два отдельных rc-файла (каждый со своими ресурсами). Что бы студия компилила тот или иной rc-скрипт в зависимости от макроопределений конфигурации (#ifdef _INCLUDE_RC1 ... #endif)
Куда копать? (VC6sp5, MFC).