Здравствуйте, tcvirkun, Вы писали:

T> если завершить работу компьютера нормально (reboot или halt), при загрузки данные с com порта принимаются. А если выдернуть шнур питания, то при запуске программы данные не принимаются, а при повторном запуске данные принимаются.

А если reboot, но без прохождения стоповых скриптов?

T>Сравнивали состояния com портов до первого и после первого запуска (stty –a –F /dev/ttyS0) одинаковы, сравнивали структуры termios то же одинаковы.
T>Подскажите куда копать дальше?

Сравнить dmesg, это навскидку.
Вообще же похоже на что-то в районе ACPI, но тут без бутылки не разобраться.