Здравствуйте, Slava Antonov, Вы писали:

SA>Тут отказываемся от layered window + WS_EX_TRANSPARENT и все делаем руками. Перебирайте видимые окна, проверяйте координаты, проверяйте z-order и пересылайте сообщение куда нужно.

Проверять z-order не надо. См.GetNextWindow.