Здравствуйте, CyberDemon, Вы писали:

CD>Исходные данные: файл лежит в подкаталоге %PROGRAMDATA% (Ну, например, C:\ProgramData\SoftwareName\file.txt), софт запускается "as admin".
CD>Что происходит: софт меняет файл (записывает некоторые данные в него), после перезапускается винда, запускается софт снова — а данных и нет. То есть, файл как будто восстановился в исходном виде.
CD>Если винду не перезапускать, то все ок. Хоть 100 раз запускай софт. Но стоит сделать рестарт и приехали
CD>Кто-либо сталкивался с подобным? Откуда хоть искать начинать?

При запуске системы стартует что-нибудь, относящееся к SoftwareName, что может переписать файл в <ProgramData>?